第二阶段（1958——1978）。社会主义改造完成，人民公社“一大二公”制度的确立，国家开始实行高度集中的计划经济体制，相应地财政实行高度集中的统收统支的管理体制。与此同时，全国人大常委会出台了《农业税征收条例》，并开始实行农产品统购制度。尽管这一时期，国家财政安排了一部分资金支持人民公社改善农业生产条件，发展农业生产。但统购派购制度的实行使工农业成品的贸易环境向着工业严重倾斜。工农产品价格剪刀差使国家从农业中积累了相当数量的资金用于工业化。据计算，到1978年，国家从农业中汲取的积累大约在6000亿元。农业为中国的工业化作出了巨大的贡献。相对而言，财政对农业的投入份额非常小。但由于组织制度所具有的政治动员力量，这一时期，采取的大规模的兴修水利和农田基本建设，在一定程度上对提高农业生产力积累了一定的基础。“自力更生为主，国家支援为辅”形成了农业农村的事务主要依靠农民自己的历史观念。